Japon, XVème siècle. Un père de famille prêt à tout pour décrocher le titre de chunin, sous-officier ninja, une épouse mère au foyer et trois enfants promis à une "destinée ninja". Kyoteru est encore en apprentissage et, loin d'être le meilleur élève. Ses camarades le tiennent à l'écart pour ne pas saper leurs chances de devenir l'équipe gagnante. Kageko, sa petite soeur, reste quant à elle son alliée. Elle refuse depuis toujours de parler à son père et s'en est entièremenr remise à Kyoteru. Shizué, l'aînée, préfère papillonner dans la grange avec Shohei, son petit ami.

Las des brimades de ses camarades, Kyoteru décide de quitter le cocon familial et de relever le défi qu'il s'est fixé: empoisonner le chef d'un clan ninja ennemi et rétablir, par la même occasion, l'honneur de son père. Au même moment, Kageko convainc Shizué de partir à la recherche de leur frère. Mais, contrairement à toutes attentes, un inconnu, Sosuke Koike, observe Kyoteru depuis longtemps et désire conjuguer son don de troisième oeil à celui d'"enfant de l'ombre" de Kageko. La route s'annonce longue et parsemée d'embûches...